Đặc điểm địa hình tự nhiên tại các vùng thượng và hạ lưu khác nhau đã tạo nên các hình thái khác nhau cho việc xây dựng các nhà máy thuỷ điện. Chính điều đó đã tạo nên mối liên hệ chặt chẽ giữa các nhà máy thủy điện trên bậc thang này. Những hồ chứa lớn của các nhà máy thủy điện phía thượng lưu sẽ đóng vai trò quyết định cho việc điều tiết dòng chảy cho các nhà máy thủy điện phía hạ lưu.

Để khai thác các công trình thủy điện trên sông Sê San đảm bảo tính khoa học, chính xác, đồng bộ, phát huy lợi ích kinh tế tối đa, giảm thiểu sự tác động xấu đến môi trường, quy hoạch bậc thang thủy điện trên sông Sê San đã được Thủ tướng Chính phủ Việt Nam phê duyệt vào năm 2001. Đang và sẽ có chín công trình được xây dựng là:

1. Thượng Kon Tum (trên nhánh Đăk Snghé của dòng Đăk Bla).
2. Ea Súp Thượng
3. Plei Krông (trên nhánh krông Pô Kô)
4. Ya Ly
5. Sê San 3
6. Sê San 3A
7. Sê San 4
8. Sê San 4A
9. Ia Krel 2

Các công trình trên có nhiệm vụ phát điện là chủ yếu. Khi các nhà máy trên bậc thang thủy điện sông Sê San đi vào hoạt động sẽ cung cấp khoảng 8 tỷ Kwh cho hệ thống điện quốc gia của Việt Nam.

Phần trên lãnh thổ Campuchia, dự kiến cũng sẽ có ba công trình thủy điện-thủy lợi được xây dựng. Đó là:

1. Prek Liang 2
2. Prek Liang 1
3. Hạ Sesan 2 (Lower Se San 2 Dam), hoàn thành tháng 09/2017 [2].
4. Hạ Sesan 3